La ville, deuxième de France, est surtout la plus ancienne ville de France et une des plus vieilles d'Europe. Son territoire historique forme une sorte d'amphithéâtre, enserré par la mer à l'ouest, par des montagnes (les calanques) au sud avec Marseilleveyre, par la côte bleue au nord avec l'Estaque (immortalisé par le peintre Cézanne) et par les chaînes de l'Étoile et du Garlaban au nord-est. Près de la moitié de la superficie communale est en territoire naturel inconstructible et la ville s'étale sur un territoire très large, quatrième commune de la france métropolitaine par sa superficie. Ce qui en fait aussi une des villes les moins denses de France. La ville s'est développée autour de l'ancien port grec devenu « Le Vieux-Port », notamment au cours de la deuxième moitié du XIXe siècle. En effet, elle a connu à cette époque un développement important, stimulé par la croissance du commerce vers le nouvel empire colonial français : l'Algérie, le Levant et l'Orient lointain. La rue de la République est un exemple de cet urbanisme du second Empire avec son allure haussmannienne. Tournée vers la mer, la ville a longtemps « ignoré » l'arrière-pays provençal dont la seule voie de communication a été longtemps la vallée de l'Huveaune. L'activité portuaire s'est déplacée progressivement vers le littoral nord de la ville, puis vers le site de Fos-sur-Mer aménagé dans les années 1960.

Marseille was founded in 600 B.C. by Greeks from Phocaea as a trading port under the name Μασσαλία (Massalia; see also List of traditional Greek place names). Facing an opposing alliance of the Etruscans, Carthage and the Celts, the Greek colony allied itself with the expanding Roman Republic for protection. The association with the expanding Roman market saw the city thrive by acting as a link between the interior of Gaul, hungry for Roman goods and wine, and Rome's insatiable slave markets. Under this arrangement the city maintained its independence until the rise of Julius Caesar, when it joined the losing side in civil war, and lost its independence. It was the site of a siege and naval battle. During the Roman times, it was called Massilia. It was the home port of Pytheas.